Makmal Sains Kolej Matrikulasi Pahang terletak di bangunan Kompleks Makmal Sains. Bangunan tiga tingkat ini dilengkapi dengan prasarana untuk pelajar aliran Sains menjalankan proses amali.

 Urus tadbir Makmal Sains Kolej Matrikulasi Pahang menjadi tanggungjawab Jabatan Sains, Kolej Matrikulasi Pahang Setiap unit Makmal Sains dikawal selia oleh Ketua Pembantu Makmal (Kimia, Biologi dan Fizik). Terdapat 19 buah Makmal Sains yang dibahagikan kepada 3 unit utama iaitu:

1) 7 buah Makmal Kimia (Aras Bawah)

2) 6 buah Makmal Biologi (Aras 1)

3) 6 buah Makmal Fizik (Aras 2)

Antara skop kerja Unit Makmal Sains ialah:

1) Pentadbiran Makmal

2) Pengurusan Makmal

3) Pengendalian Amali Sains

4) Pengendalian Dan penyenggaraan peralatan

5) Pengendalian dan penyimpanan bahan kimia

6) Keselamatan

7) Pelupusan